In Würzburg beheimatet ist eine der größten deutschen Binnenschifffahrts-Genossenschaften, die MSG Mainschiffahrts-Genossenschaft eG, mit Sitz im Neuen Hafen.
Über 100.000 t Schiffsraum für Trockengüter sind in der MSG vereinigt, darunter auch eigene Schiffe. Das Fahrtgebiet der MSG-Schiffe erstreckt sich von Holland, Belgien und Frankreich über den Rhein und seine Nebenflüsse Main, Neckar, Mosel und Saar und zu den westdeutschen Kanälen. Besonders ausgeprägt ist die Verkehrsbeziehung von und zum Main, Main-Donau-Kanal und zur Donau.

Bei der MSG handelt es sich um keine reine Befrachtungsgesellschaft im herkömmlichen Sinn. Mit ihren Beteiligungsgesellschaften in Bamberg, Erlangen, Nürnberg, Regensburg und Wien, die teilweise mit großen eigenen Umschlags- und Lagereinrichtungen und mit eigenem Fuhrpark im Güternah- und Fernverkehr tätig sind, bietet die MSG Speditionsleistungen jeglicher Art an und kann dadurch alle logistischen Notwendigkeiten im Warenverkehr aus einer Hand lösen.
Dieses Angebot wird ergänzt durch die direkte Präsenz der 100%-igen Tochter MSG in Rotterdam und die Niederlassung in Dorfprozelten am Main mit einer leistungsfähigen Reparaturwerkstatt für den Einbau, die Inspektion und die Reparatur von Schiffsmotoren, sowie Reparatur und Modernisierung am Kasko. Abgerundet wird das Servicepaket durch die Belieferung von Treibstoff und Schmierölen und den Vertrieb von Schiffsmaterialien über die eigene Bunker- und Service-Station in Würzburg.